a) Giám đốc là người đứng đầu Bảo tàng, chịu trách nhiệm trước pháp luật; Giám đốc Sở Văn hóa và Thể thao Nghệ An về toàn bộ hoạt động của Bảo tàng.
b) Phó Giám đốc là người giúp Giám đốc; chỉ đạo thực hiện một số mặt công tác khi được Giám đốc phân công và chịu trách nhiệm trước pháp luật và Giám đốc về các nhiệm vụ được phân công.
c) Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, từ chức, nghỉ hưu và các chế độ, chính sách đối với Giám đốc, Phó Giám đốc Bảo tàng thực hiện theo quy định của Pháp luật và phân công, phân cấp quản lý cán bộ, viên chức hiện hành.
2. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ:
a) Phòng Hành chính – Tổng hợp;
b) Phòng Nghiên cứu, Sưu tầm, Kiểm kê và Bảo quản;
c) Phòng Trưng bày, Tuyên truyền và Giáo dục;
3. Biên chế:
a) Biên chế, số lượng người làm việc (kể cả hợp đồng lao động) của Bảo tàng Nghệ An được UBND tỉnh giao theo kế hoạch hàng năm, trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ được giao, cơ cấu chức danh, vị trí việc làm theo quy định và tình hình điều kiện thực tế về khả năng ngân sách của đơn vị.
b) Việc quản lý, tuyển dụng, sử dụng viên chức và hợp đồng lao động của Bảo tàng thực hiện theo quy định của pháp luật và phân cấp quản lý hiện hành.